Lazarus Chakwera sinh ra tại Lilongwe, thủ đô hiện tại của Malawi, vào ngày 5 tháng 4 năm 1955 khi đất nước vẫn còn dưới thời cai trị của thực dân Anh.[3] Gia đình ông là nông dân sống ở ngoại ô thành phố.[4] Hai trong số các anh em của ông được sinh ra trước ông đã qua đời và cha ông tin rằng ông sẽ sống, đã đặt cho cậu cái tên Lazarus nhân vật trong Kinh thánh được nuôi dưỡng từ sau khi chết. Lazarus Chakwera đã kết hôn với Monica và họ cùng nhau có bốn người con và cháu.[5]

Chakwera tốt nghiệp Cử nhân Nghệ thuật (Triết học) tại Đại học Malawi năm 1977. Ông học thần học và lấy bằng danh dự của Đại học Bắc ở Nam Phi và lấy bằng thạc sĩ (MTh) từ Đại học Nam Phi vào năm 1991.[5] Trường Đại học quốc tế Trinity ở Mỹ trao tặng cho ông một học vị tiến sĩ (D. Min) vào năm 2000. Ông trở thành một giáo sư tại Chủng viện thần học Pan-Châu Phi vào năm 2005.[3]

Ông đã làm việc trong vai trò giảng viên hướng dẫn tại Trường Thần học Hội đồng từ năm 1983 đến năm 2000, nơi ông trở thành Hiệu trưởng vào năm 1996. Ông là đồng giám đốc và là giảng viên tại Chủng viện Thần học All Nations.[6] Kể từ năm 1989, ông đã chủ trì Hội đồng Thiên chúa của Malawi.[6] Vào ngày 14 tháng 4 năm 2013, ông đã khiến nhiều người ngạc nhiên khi tuyên bố ý định điều hành tại một Công ước của Đảng Quốc hội Malawi (MCP) vai trò đối lập với tư cách là chủ tịch trong khi vẫn duy trì Chủ tịch Hội đồng Thiên chúa.[7]